Đệ nhị hạm đội là lực lượng chiến đấu duy nhất còn lại của hạm đội Liên hợp nhưng cũng chỉ còn có 10 chiến hạm bao gồm siêu thiết giáp hạm Yamato, tuần dương hạm hạng nhẹ Yahagi và 8 khu trục hạm. Tư lệnh của hạm đội là phó đô đốc Seiichi Itō, một người chưa từng lãnh nhiệm vụ trên mặt biển bao giờ và cũng chưa biết qua kinh nghiệm chiến đấu nào trong suốt cuộc chiến.[4] Tổ chức của hạm đội này bao gồm:

• Thiết giáp hạm Yamato (soái hạm): hạm trưởng là Chuẩn Đô đốc Kōsaku Aruga
• Phân đội 2 khu trục hạm: Chuẩn Đô đốc Keizō Komura, bao gồm tuần dương hạm hạng nhẹ Yahagi do Đại tá Tameichi Hara Yamamoto làm hạm trưởng
• Hải đội 17 khu trục hạm: Đại tá Kiichi Shintani, bao gồm các khu trục hạm Isokaze (Trung tá Saneo Maeda), Hamakaze (Trung tá Isami Mukoi), Yukikaze (Trung tá Masamichi Terauchi)
• Hải đội 21 khu trục hạm: Đại tá Hisao Kotako, bao gồm các khu trục hạm Asashimo (Trung tá Yoshiro Sugihara), Kasumi (Trung tá Hiroo Yamana), Hatsushimo (Trung tá Masazo Sato)
• Hải đội 41 khu trục hạm: Đại tá Masayoshi Yoshida, bao gồm các khu trục hạm Fuyutsuki (Trung tá Hidechika Sakuma), Suzutsuki (Trung tá Shigetaka Amano).

Vào ngày 5 tháng 4, Phó Đô đốc Ryunosuke Kusaka, tham mưu trưởng hạm đội Liên hợp đã từ Kanoya đến Tokuyama để họp với các sĩ quan hàng đầu của Đệ nhị hạm đội trên soái hạm Yamato cũng như ra tín hiệu bắt đầu cuộc hành quân Ten-Go. Cùng lúc đó, cũng diễn ra một cuộc họp giữa giữa các chỉ huy trưởng hải đội và hạm trưởng trên tuần dương hạm Yahagi. Chuẩn Đô đốc Komura đã trình bày kế hoạch mà Đô đốc Kusaka mang đến, theo đó Bộ tư lệnh tối cao muốn Đệ nhị hạm đội đến Okinawa mà không có phi cơ yểm trợ và nhiên liệu chỉ vừa đủ cho lượt đi.[11] Do không đồng ý với kế hoạch đó, Komura đã yêu cầu Itō và Kusaka tạm ngưng phiên họp trên soái hạm Yamato để trở về Yahagi hội ý với các chỉ huy trưởng và hạm trưởng. Các chỉ huy trưởng Shintani, Kodaki ngay lập tức ra ý kiến phản đối kế hoạch tự sát này, còn các Đại tá Tameichi Hara, Yoshida và Sugihara đề nghị thi hành các sứ mạng đơn độc hơn là đưa toàn bộ hạm đội đến chỗ chết tại Okinawa.[12]

Cũng trong ngày 5 tháng 4, 13 giờ, Komura quay lại Yamato. Tại đây, ông mất một giờ để trình bày ý kiến của cuộc hội ý vừa rồi. Tuy nhiên, Đô đốc Kusaka đã giải thích rằng đây không phải là một chuyến đi tự sát, mà theo kế hoạch này, trong khi các hàng không mẫu hạm của đối phương đang bận đối phó với Đệ nhị hạm đội, phi trường Kanoya nằm ở cực nam Kyushu sẽ cho xuất kích nhiều Kamikaze tấn công hạm đội Mỹ ở Okinawa.[13] Sau đó, Kusaka còn giải thích thêm về sự chán nản của Bộ tư lệnh tối cao và lục quân về vai trò của thiết giáp hạm Yamato, đặc biệt là việc chiếc tàu này đã bỏ chạy trong trận hải chiến vịnh Leyte.[1] Tới đây, đô đốc Itō nói: "Tôi nghĩ chúng ta đã được trao cơ hội để chết một cách thích đáng. Một samurai đã sống một đời sống như vậy, hẳn luôn luôn được chuẩn bị để chết.[14]" Và cuộc tranh luận cũng chấm dứt ở đó. 16 giờ, Komura trở về Yahagi và thông báo mệnh lệnh cuối cùng. Sau đó, các chỉ huy trưởng hải đội và hạm đội đều lần lượt thay đổi ý kiến và đồng ý cuộc hành quân.[14]

Sau khi chấp nhận mệnh lệnh, sĩ quan các cấp đều tập trung tại soái hạm Yamato để tham dự buổi thuyết trình. Phó Đô đốc Itō kết thúc buổi họp với lưu ý: "Vì nhiệm vụ này khác thường, các vị chỉ huy trưởng nên cho di chuyển tất cả các sĩ quan thực tập, những người bệnh và bất kì người nào xét thấy không thích hợp. Đây là một vấn đề thuộc quyền cân nhắc của quý vị".[15] Vào nửa đêm, tất cả các chiến hạm được nhận nhiên liệu. Mặc dù đã có lệnh chỉ cung cấp nhiên liệu cho các chiến hạm vừa đủ cho lượt đi, những nhân viên tại Tokuyama trên thực tế đã cung cấp cho Yamato và những chiến hạm còn lại toàn bộ số nhiên liệu có tại cảng lúc đó. Tuy nhiên, số nhiên liệu này cũng không đủ để giúp các chiến hạm này từ Okinawa trở về Nhật Bản.[16]